Dalam era globalisasi dan perdagangan bebas saat ini, peran laboratorium karantina hewan menjadi semakin penting dan strategis di dalam menjamin mutu, keamanan dan kesehatan terhadap hewan/produk hewan yang dilalulintaskan baik untuk tujuan ekspor, impor maupun antar area. Selain itu karantina juga memegang peranan penting dalam hal keamanan hayati baik keamanan hayati hewani maupun nabati sehingga laboratorium memiliki peran penting dalam kaitannya dengan aspek keamanan hayati tersebut. Menyadari hal ini, maka Badan Karantina Pertanian (Barantan) dalam penyusunan Kebijakan strategisnya telah berkomitmen untuk melakukan peningkatan infrastruktur Laboratorium Karantina, baik pada tingkat pusat maupun pada tingkat Unit Pelaksana Teknis (UPT), yang salah satunya adalah Laboratorium Karantina Hewan BBKP Surabaya.
Sehubungan dengan komitmen Barantan tersebut, Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Surabaya terus berupaya meningkatkan kompetensi Laboratorium yang berstandar internasional. Pada saat ini Laboratorium BBKP Surabaya telah menyandang Sertifikat Akreditasi ISO/IEC 17025:2008 dari Komite Akreditasi Nasional (KAN) melalui keputusan LP-461-IDN tanggal 20 Maret 2014 sebagai Laboratorium Penguji sehingga keberadaannya sejajar dengan lembaga laboratorium lain yang tergabung dalam keanggotaan International Laboratory Accreditation Commission (ILAC).
Untuk meningkatkan kemampuan uji laboratorium karantina hewan, mengatasi kurangnya sarana dan prasarana yang mendukung jenis pengujian, meningkatkan jenis dan jumlah pengujian, menunjang rencana perluasan dan penambahan ruang lingkup, menunjang monitoring dan surveilans laboratorium, meningkatkan dukungan laboratorium untuk riset para personelnya, serta menyesuaikan tuntutan nasional maupun internasional dalam hal kualitas dan kuantitas uji yang sesuai dengan standar ISO/IEC 17025:2008, maka BBKP Surabaya membangun gedung laboratorium baru yang berlokasi di belakang Kantor Pusat BBKP Surabaya, Jl. Raya Bandara Ir. H. Juanda, Sidoarjo.
Gedung baru ini diresmikan oleh Kepala BBKP Surabaya, Dr. Ir. Eliza Suryati Rusli, M.Si., dalam acara sederhana yang dihadiri oleh para Pejabat Struktural dan pegawai yang bertugas di Kantor Pusat BBKP Surabaya dan para personel Laboratorium Karantina Hewan BBKP Surabaya pada hari Selasa, 17 Januari 2017. Sejak peresmian ini, maka semua kegiatan pengujian laboratorium di laboratorium lama resmi dipindahkan ke laboratorium baru karantina hewan.
Gedung baru laboratorium 2 lantai ini dilengkapi dengan ruangan pengujian laboratorium di lantai 2, yang terdiri dari Laboratorium Biologi Molekuler, Laboratorium Kimia, Laboratorium Bakteriologi dan Mikologi, Laboratorium Serologi dan Virologi dan ruang teknis. Sedangkan untuk mendukung kegiatan pengujian laboratorium, ruangan di lantai 1 dipergunakan sebagai ruang penerimaan sampel dan barcode, ruang arsip, ruang pertemuan, ruang staf, ruang ganti, dapur dan ruang makan.

Gedung laboratorium baru Karantina Hewan (searah jarum jam: gedung laboratorium, pintu masuk laboratorium lantai 2, laboratorium lantai 2, ruang pertemuan laboratorium lantai 1)
Adapun jenis pengujian yang dilakukan di laboratorium karantina hewan meliputi:
- Pengujian bahan asal hewan (daging sapi, daging ayam, daging itik, daging kambing, daging babi, sosis, bakso, nugget, susu), yang dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi yang meliputi: isolasi dan identifikasi, angka lempeng total (ALT), bakteri coliform, bakteri Escherichia coli, bakteri Salmonella spp., bakteri Staphylococcus aureus; rapid test (E. coli, Salmonella spp., aureus);
- Pengujian bahan asal hewan, yang dilaksanakan di Laboratorium Serologi yang meliputi: Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) untuk menguji pemalsuan komoditi daging mentah terhadap spesies (sapi, ayam, babi dan domba); di Laboratorium Biologi Molekuler yang meliputi: Polymerase Chain Reaction (PCR) konvensional dan Real Time PCR (sapi, ayam, babi dan domba);
- Pengujian sarang burung walet yang dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi yang meliputi: isolasi dan identifikasi, angka lempeng total (ALT), bakteri coliform, bakteri coli, bakteri Salmonella spp., bakteri S. aureus; di Laboratorium Biologi Molekuler yang meliputi: PCR konvensional dan Real Time PCR Avian Influenza (AI);
- Pengujian serum unggas (DOC, ayam, itik, burung) yang dilaksanakan di Laboratorium Serologi yang meliputi: Haemagglutination – Haemagglutination Inhibition (HA-HI) untuk menguji titer antibodi terhadap AI dan New-castle Disease (ND); di Laboratorium Biologi Molekuler yang meliputi: PCR konvensional dan Real Time PCR AI;
- Pengujian sarang burung walet, serum unggas yang dilaksanakan di Laboratorium Serologi yang meliputi: Rapid Test AI;
- Pengujian serum sapi, serum kerbau yang dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi yang meliputi: Rose Bengal Test (RBT) untuk menguji titer antibodi terhadap Brucella spp.;
- Pengujian serum anjing, kucing yang dilaksanakan di Laboratorium Serologi yang meliputi: ELISA untuk menguji titer antibodi terhadap rabies; di Laboratorium Biologi Molekuler yang meliputi: PCR konvensional dan Real Time PCR rabies;
- Pengujian serum sapi, serum kerbau yang dilaksanakan di Laboratorium Serologi yang meliputi: ELISA untuk menguji titer antibodi terhadap Bovine Viral Diarrhoea (BVD), Infectious Bovine Rhinotracheitis (IBR), Paratuberculosis / Johne’s Disease, Enzootic Bovine Leucosis (EBL);
- Pengujian meat bone meal (MBM), poultry by product meal (PPM), hydrolised feather meal (HFM) di Laboratorium Biologi Molekuler yang meliputi: PCR konvensional dan Real Time PCR terhadap spesies (sapi, ayam, babi dan domba);
- Pengujian bahan asal hewan yang dilaksanakan di Laboratorium Kimia yang meliputi: High-performance Liquid Chromatography (HPLC), Spektrofotometer dan Randox® Evidence Investigator untuk menguji residu antibiotik, obat-obatan dan hormon;
- Pengujian bahan asal hewan, MBM, PPM, HFM terhadap Aspergillus spp. di Laboratorium Mikologi.
Berikut adalah berbagai foto laboratorium baru, personel dan kegiatan pengujian yang dilakukan di laboratorium baru:
RUANG ADMINISTRASI DAN TEKNIS

Ruang Penerimaan Sampel/Administrasi (Ruang Barcode) di laboratorium lantai 1 dan Ruang Teknis di laboratorium lantai 2 (kiri bawah)

Kegiatan di Ruang Penerimaan Sampel/Administrasi dan Ruang Teknis: (searah jarum jam: staf entri data, entri data sampel laboratorium, proses entri hasil pengujian)
BAKTERIOLOGI DAN MIKOLOGI

Laboratorium Bakteriologi dan Mikologi (searah jarum jam: Ruang Timbangan dan Bahan, Ruang Preparasi, Ruang Pengujian)

Laboratorium Bakteriologi dan Mikologi (searah jarum jam: staf laboratorium, penimbangan bahan untuk media kultur, pembuatan media, penuangan sampel dan agar dalam cawan petri)
SEROLOGI DAN VIROLOGI

Laboratorium Serologi dan Virologi (Ruang Pengujian dan Peralatan Pengujian ELISA, HA/HI, Rapid Test)

Laboratorium Serologi dan Virologi (searah jarum jam: staf laboratorium, pengujian dalam ruang laboratorium: pengujian HA/HI, pengujian ELISA)
BIOLOGI MOLEKULER

Laboratorium Biologi Molekuler (searah jarum jam: Ruang Preparasi, Ruang RNA dan DNA, Ruang Amplifikasi)

Laboratorium Biologi Molekuler (searah jarum jam: staf laboratorium, ekstraksi sampel, pembuatan master mix untuk reaksi PCR, proses amplifikasi dengan Real Time PCR)
KIMIA

Laboratorium Kimia (searah jarum jam: Ruang Preparasi, Ruang Pengujian, HPLC, Randox® Evidence Investigator)